文献解读 | 队列分析+蛋白质组,疾病标志物筛查高效发文思路来了!
随着精准医学的不断发展,高特异性、非侵入性获取的疾病生物标志物鉴定对复杂疾病的早期诊断、分型及机制研究至关重要。
以系统性蛋白质组学为核心驱动的标志物筛选策略,通过整合蛋白质组学、生物信息学挖掘、大样本临床验证及分子机制实验,运用大规模筛查能力挖掘新靶点,能够阐明标志物的生物学功能及参与疾病的分子路径,提升研究深度与临床价值。
系统性红斑狼疮(SLE)是一种常见的慢性自身免疫性疾病,常累及多个器官,包括肾脏,高达60%的患者会发展为狼疮性肾炎(LN)。LN是其中最常见的一种 SLE的严重临床表现与预后不良相关。尽管在临床实践中一直使用免疫抑制剂和靶向生物制剂,仍有10-20%的患者 在诊断后5年内进展为终末期肾病(ESRD)。因此,探索LN发病机制和寻找新的治疗靶点至关重要。
2025年4日,郑州大学第一附属医院,在Lupus science and medicine杂志上发表了题为“Proteomics uncovers ICAM2 (CD102) as a novel serum biomarker of proliferative lupus nephritis”的文章,本研究旨在通过血清蛋白质组学鉴定狼疮性肾炎(LN)的新非侵入性生物标志物。
血清、肾脏、细胞
蛋白质组学、ELISA、WB
技术路线图
1.LN血清蛋白组
LN患者(n=40)和HCs(n=40)的血清样本用于定量蛋白质组学分析。蛋白质组学分析显示两者之间存在显著的空间分离(图1A)。与HC相比,发现了123种差异表达蛋白(DEPs),这些蛋白在LN患者中表现出显著变化(图1B)。PPI网络分析获得了20个与LN相关的DEP中心节点,包括VCAM1、SELL、NCAM1、ICAM2、CD44、TIMP1、THBS1、FCGR3A、TFRC、SPARC、HLA-A、ORM1、CST3、VWF、APP、CRP、LYZ 、B2M、TGFB1和IGF1(图1C、D)。其中,VCAM1、SELL、FCGR3A和TGFB1已被证明参与LN的发病机制,从而验证了数据的有效性。通路富集分析显示,中心DEP在炎症反应、细胞活化正向调节、SA MMP细胞因子连接、补体系统、细胞粘附分子、JAK/STAT信号通路等功能中富集(图1E)。机器学习算法RFA分析得到ICAM2、TIMP1和THBS1成为前三名候选标志物(图1F)。
图1 LN血清蛋白组
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2.独立患者队列蛋白质验证
一个独立的n=80受试者队列(HC=30,LN=50)用于ELISA验证。与HC组相比,LN组的血清ICAM2和TIMP1显著上调,THBS1显著下调(图2A‒C)。ROC曲线(图2D)表明ICAM2在区分LN和HC(AUC=0.92)时具有最高的曲线下面积(AUC)值, ICAM2、TIMP1和THBS1的联合诊断可达到0.98,随后进行Spearman相关分析,以确定血清蛋白水平是否与各种临床参数相关。如图2所示。ICAM2与活动指数(AI)、蛋白尿、白蛋白和抗dsDNA抗体水平显著相关(图2E‒I),且血清ICAM2与C3(图2G)和C4(图2K)呈强相关性。TIMP1和THBS1与LN的蛋白尿呈相关性。
图2 ELISA验证三种血清生物标志物及其与临床指标的相关性
3.血清ICAM2水平可鉴别肾脏组织学
为了探讨这些生物标志物是否反映了肾活检的病理类别,作者进一步探索了不同LN类别的血清ICAM2水平是否有所不同。根据病理学分析,进一步将LN患者分为LN III(±V)、LN IV(±V)和LN V。活检分析显示,与HCs相比,每种LN类别的血清ICAM2水平均升高(图3A)。PLN患者的ICAM2水平显著升高,尤其是在LN IV(±V)患者中。在区分PLN与非增生性疾病方面,优于常规参数,包括C3、C4和抗dsDNA抗体(图3B)。鉴于血清ICAM2显著升高 与非PLN患者相比,作者研究了其与特定病理特征的相关性。如图3所示,血清ICAM2与 毛细血管内细胞增多、透明质酸沉积和间质炎症(图3C-H)。
图3 狼疮性肾炎(LN)类别的血清ICAM2水平及其与肾脏组织学的关系
4.LN中肾组织内ICAM2的表达
为了确定ICAM2在肾组织中的位置,对13个LN肾活检标本(PLN=8,MLN=5)进行了ICAM2的免疫组化染色,并与5个癌旁对照标本进行了比较 结果表明,与癌旁对照组相比,ICAM2表达主要在肾小球中升高。特别是,ICAM2在PLN的肾小球中显著表达。在MLN和癌旁对照组中,ICAM2的阳性表达很少见(图4A)。从Nephroseq数据库中提取数据,进一步检查健康人肾组织中的ICAM2表达。在LN肾脏中也观察到ICAM2表达升高,与上述分析一致(图4B、C)。
图4 狼疮性肾炎(LN)肾脏组织中ICAM2的表达
5.ICAM2通过PI3K/Akt途径导致LN肾小球内皮细胞损伤
为了研究ICAM2蛋白在LN中的作用和机制,作者采用免疫荧光检测了LN患者肾小球中ICAM2蛋白的表达。结果表明 ICAM2与CD31共定位显著增加(图5A)。进一步用LN患者血清提取的IgG刺激体外肾小球内皮细胞。结果表明 ,与处理组和健康血清IgG刺激组相比,IgG-LN刺激组表现出ICAM2表达升高,并伴有内皮细胞损伤标志物VCAM1的增加(图5B、C)。先前的研究报告称VCAM-1蛋白主要在活化的内皮细胞中表达,从而引发内皮细胞损伤。随后,使用siRNA转染敲低ICAM2表达,以探讨ICAM2在HRGEC损伤中的作用。Western blotting(WB)分析显示,敲低ICAM2表达可检测HRGECs中VCAM1的表达(图5D-F)。
先前的研究表明,ICAM2参与了PI3K/Akt通路的激活,从而促进细胞增殖和迁移。WB结果表明,IgG-LN刺激组表现出PI3K/Akt信号通路的激活,p-PI3K a表达增加 p-Akt。当ICAM2表达被敲低时,p-PI3K和p-Akt的表达降低(图5G-K)。这些发现表明,ICAM2通过激活PI3K/ Akt通路,导致LN肾小球内皮细胞损伤。
图5 ICAM2通过PI3K/Akt途径促进LN肾小球内皮细胞损伤
本研究表明,ICAM2(CD102)可能作为反映肾脏病理学活性的增生性LN的潜在血清生物标志物,可能通过PI3K/Akt通路促进LN的进展。
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排版:野凌
审核:三黍生物企宣部